A transzportmodellezéshez előbb a felszín alatti vizek áramlási viszonyait határozzuk meg egy áramlási modellezéssel, majd ebben a hidrodinamikai környezetben vizsgáljuk a szennyezőanyagok mozgását. Meg tudjuk határozni egy feltárt szennyezés időbeli mozgását éppúgy, mint például kármentesítő rendszerek hatásának időbeli alakulását. Eredményképpen meghatározzuk egy vagy több vizsgált szennyezőkomponens koncentrációjának időbeli változását a vizsgált tér kiválasztott pontjaiban, illetve koncentráció-térképeket is előállíthatunk.